Ashitaka, der junge Prinz eines Emishi-Stammes, wird bei der erfolgreichen Verteidigung seines Dorfes gegen den Angriff eines Dämons von einem tödlichen Fluch befallen. Auf der Suche nach einem Heilmittel verlässt er seinen Stamm und gerät in einen Kampf zwischen den Arbeitern einer Eisenhütte, die den Wald abholzen und Metalle abbauen, und den Tiergöttern des Waldes, die ihr Territorium verteidigen.

Dabei trifft Ashitaka das bei den Wölfen lebende Mädchen San (Prinzessin Mononoke), das auf der Seite der Tiere kämpft. Ihre Gegnerin ist die machthungrige Herrin Eboshi vom Klan der Tatara, die die Bewohner der Eisenhütte vor den Angriffen der Tiere und Tiergötter schützen will. Sie versucht, mit den in den Eisenwerken hergestellten Feuerwaffen den Fürst Asano zu besiegen und ihren Einflussbereich auszuweiten. Ashitaka versucht, zwischen den Parteien zu vermitteln und Eboshi daran zu hindern, den Waldgott zu töten, dessen Kopf sie dem Tennō bringen soll.

Eboshi macht sich mit Jägern auf in den Wald, um den hirschgestaltigen Waldgott zu töten. Der mächtige Stamm der Wildschweine kämpft gemeinsam mit San und ihren Wolfsbrüdern gegen die Armee. Alle Wildschweine werden getötet. Okoto, der Anführer der Wildschweine, erliegt einem Fluch. San versucht, ihn zum Waldgott zu bringen, aber auch sie wird mit dem Fluch belegt. Am See des Waldgottes treffen die beiden auf Sans Mutter, die Wolfsgöttin, die von Eboshi verwundet im Sterben liegt. Eboshi versucht, den Waldgott zu töten, was misslingt. Ashitaka versucht weiterhin, sie davon abzuhalten. Als Okoto dazu kommt, saugt der Waldgott ihm das restliche Leben aus. Ashitaka nimmt San zu sich und versucht, sie aufzuwecken. Als es Nacht wird, verwandelt sich der Waldgott in den Nachtwandler. So ist er verwundbar, und Eboshi schießt ihm den Kopf ab. Der restliche Körper verwandelt sich in eine schleimartige Substanz, die allem das Leben aussaugt, was mit ihr in Berührung kommt. Die halbtote Wolfsgöttin reißt Eboshi mit letzter Kraft den rechten Arm ab. Durch den Schleim wird die Eisenhütte und fast der ganze Wald zerstört. Erst als Ashitaka und San den Kopf wieder zurückgeben, verschwindet er. Der Fluch wird von Ashitaka genommen.

Herrin Eboshi will die Stadt wieder aufbauen. Ashitaka bietet San an, in der Eisenhütte zu leben, aber sie kann den Menschen noch nicht vergeben. So lebt sie im Wald und er in der Eisenhütte. Sie versprechen sich, sich zu besuchen, da sie sich sehr mögen.