Vorgeschichte
Das Ninjadorf Konohagakure (auch kurz Konoha) wird von Kyūbi, einem nahezu unbesiegbaren neun-schwänzigem Fuchsungeheuer, angegriffen. Dem vierten Hokage Minato Namikaze gelingt es, durch Opferung seines eigenen Lebens, diesen Dämonen im Körper seines Sohnes Naruto zu versiegeln und damit die Gefahr zu bannen. Minatos Vorgänger, der dritte Hokage übernimmt nun wieder die Führung des Dorfes.
In Folge der Ereignisse wird Naruto von den anderen Dorfbewohnern aus Angst gemieden. Daher wächst er sehr einsam auf und entwickelt ein starkes Bedürfnis nach Aufmerksamkeit. Er nimmt sich vor, Hokage zu werden, damit die Bewohner des Dorfes ihn akzeptieren.
Beginn von Narutos Ninja-Laufbahn
In der Ninja-Akademie ist Naruto der Schlechteste der Klasse. Außerhalb der Akademie stellt er viel Unsinn an und ist eine Plage für das Dorf. So nimmt Naruto die erste Hürde, den Abschluss der Ninja-Akademie nur unter großen Schwierigkeiten. Als Genin wird er nun einer Dreiergruppe von Genins zugeteilt, die vom Jōnin Kakashi Hatake ausgebildet wird. In dieser Gruppe ist auch Sakura Haruno, in die sich Naruto verliebt hat und deren Aufmerksamkeit er gewinnen will. Sie jedoch schwärmt für den dritten im Team, dem verschlossenen Sasuke Uchiha, der wiederum einzig daran interessiert ist, sich an seinem Bruder Itachi zu rächen, der einst seinen Clan verriet und ermordete.
Diese Gruppe, „Team 7“, wird nun mit zunächst einfachen Aufgaben betraut, um dabei Zusammenarbeit zu lernen und neue Techniken zu erwerben. Dabei kommt es auch zu einer schwierigeren Mission, bei der Naruto, Sakura und Sasuke ihre ersten echten Kampferfahrungen gegen zwei verstoßene Ninja sammeln.
Die Chūnin-Prüfung
Als bald eine neue Chūnin-Prüfung ansteht, schlägt Kakashi, wie auch seine Kollegen Kurenai Yuhi und Asuma Sarutobi sein Team zur Beförderung vor. Zwar werden die drei Teams von vielen als zu jung betrachtet, doch sie nehmen dennoch an der Prüfung teil. Von den älteren Ninjas nimmt unter anderem das Team von Maito Gai teil. Auch viele Ninjas aus anderen Dörfern treffen ein, sodass ungewöhnlich viele zur Prüfung erscheinen. So kommt aus dem Dorf des Sandes (Sunagakure) ein von Baki geleitetes Team aus Gaara, Temari und Kankuro.
Den ersten, theoretischen, Test besteht Naruto nur mit sehr viel Glück. Danach müssen die Teams durch den Wald des Schreckens (Shi no Mori, Wald des Todes). Dort kommt es zu den ersten Kämpfen zwischen den Kandidaten und Narutos Gruppe trifft das erste Mal auf den abtrünnigen Orochimaru. Er will sich an seiner früheren Heimat Konoha und dessen Hokage rächen. Ihm gelingt es, Sasuke während des Kampfes zu verfluchen. Da nach dem Wald des Schreckens immer noch zuviele Ninjas übrigbleiben, werden Vorentscheidungskämpfe ausgetragen. Diesen folgen, nach einer Ruhezeit, das Finale, bei dem ein großes Publikum zugegen ist, darunter viele Fürsten. Die Kämpfe entscheiden auch über das Ansehen der Ninjadörfer.
Die Invasion Konohas
Jedoch werden diese Kämpfe durch Orochimaru und Ninjas des Dorfes des Sandes unterbrochen. Dieses hat sich mit ihm gegen Konoha verbündet. Es entbrennt ein Kampf um Konoha. Beim Kampf gegen Naruto erwacht in Gaara, dessen Macht schon in den vorherigen Kämpfen beeindruckte, Shukaku, ein Dämon wie der Kyūbi, das in ihm versiegelt ist. Schlussendlich gelingt es aber, Gaara zu besiegen und auch Orochimaru und seine Verbündeten aus dem Dorf zu vertreiben. Doch stirbt dabei der Sandaime Hokage, Sarutobi, und das Dorf wird schwer verwüstet. Als die Ninjas des Dorfes des Sandes bemerken, dass Orochimaru ihren Kazekage ermordet hat und an seine Stelle trat, beenden sie die Kampfhandlungen. Trotz seiner Niederlage schwört Orochimaru, das Dorf zu zerstören. Auch plant er, Sasuke auf seine Seite ziehen, da sein bisheriger Körper im Kampf gegen Sarutobi mit einem unheilbaren Fluch belegt wurde.
Die Suche nach Tsunade
Nach der Bestattung des Sandaime Hokage soll sich Jiraya, ein Schüler des verstorbenen Hokage und einer der legendären San-Nin, auf die Suche nach einem Nachfolger für den Posten des Hokages machen. Jiraya selbst lehnt diesen Titel ab und will neben Orochimaru und ihm selbst die dritte der San-Nin – Tsunade – hierfür gewinnen. Auf dieser Suche begleitet ihn Naruto, der auf dieser Reise trainiert wird. Tsunade wird nach recht kurzer Suche von Jiraya und Naruto gefunden, ist aber zunächst unwillig Hokage zu werden. Erst nach einem Kampf zwischen Orochimaru, der Tsunade um Heilung seiner Arme ersucht, und Jiraya entscheidet sich Tsunade den Posten des Hokage anzunehmen.
Währenddessen tauchen in Konoha zwei Männer in schwarzen Umhängen mit roten Wolken auf, dem Markenzeichen der Akatsuki. Einer der beiden ist Itachi Uchiha, Sasukes Bruder. Die Akatsuki wollen Naruto entführen, da sie an der Macht des Kyūbi in ihm interessiert sind. Die beiden können Kakashi und Sasuke besiegen, doch scheitern mit ihrem Plan, da Naruto nicht im Dorf ist.
Sasukes Flucht
Frustriert von seinen Niederlagen und Narutos Fortschritten entschließt sich Sasuke, Orochimarus Angebot anzunehmen und sich von ihm trainieren zu lassen. So flieht er mit vier Gefolgsleuten Orochimarus aus Konoha. Die Flucht bleibt nicht unbemerkt und Naruto macht sich mit Chōji Akimichi, Shikamaru Nara, Neji Hyūga und Kiba Inuzuka auf, um Sasuke aufzuhalten. Allerdings stellen sich Orochimarus Gefolgsleute den fünfen entgegen. Nur mit der Unterstützung der Ninjas des Dorfes des Sandes, das wieder Verbündeter Konohas ist, können sie besiegt werden. Naruto kann Sasuke im Tal des Endes zu stellen und es kommt zum Kampf, an dessen Ende aber Sasuke doch entkommt.
Daraufhin begibt sich Naruto auf eine zweieinhalbjährige Reise, um weiter zu trainieren und stärker zu werden und Sasuke zurückzuholen.
Narutos Rückkehr und Gaaras Rettung
Zweieinhalb Jahre nach Sasukes Flucht kehrt Naruto sichtlich älter nach Konoha zurück. Dort stellt er fest, dass alle seine Freunde nun mindestens Chūnin sind. Zusammen mit Sakura und Kakashi bildet er das neue „Team Kakashi“.
Unterdessen tauchen zwei Mitglieder von Akatsuki, Sasori (サソリ) und Deidara (デイダラ), im Dorf des Sandes auf. Die beiden entführen Gaara, der mittlerweile zum Kazekage ernannt wurde, da die Akatsuki auch an dem Shukaku in ihm interessiert sind.
Das Dorf des Sandes bittet Konoha nun um Hilfe und so rücken Team Kakashi und Team Gai aus, um Gaara zu befreien. Gemeinsam mit Chiyo, einer alten Sand-Ninja, nimmt man die Spur von Gaara auf. Derweil treffen treffen sich in einer Höhle die restlichen Mitglieder von Akatsuki. Alle neun Mitglieder führen ein Jutsu durch, bei dem der Shukaku von Gaaras Körper getrennt wird.
Während der Verfolgung erfährt Naruto, dass er genau wie Gaara ein sogenanntes Jinchuriki ist. Es gibt neun Dämonen, die alle ein bis neun Schwänze haben. Der Shukaku ist der Ichibi, also der Dämon mit einem Schwanz, während der Kyūbi mit seinen neun Schwänzen die meisten Schwänze hat. Alle neun Dämonen wurden immer wieder von den Ninjadörfer dazu genutzt, um sie in Personen, den Jinchurikis, einzuschließen.
Bald stellen sich Kopien von Itachi und Kisame dem Team Kakashi und Team Gai entgegen. Die beiden sind schnell besiegt, jedoch waren es nur Diener der Akatsuki, die wie Itachi und Kisame aussahen. Als die Teams die Höhle erreichen ist es bereits zu spät, die Extraktion des Shukakus ist gelungen und Gaara ist tot. In nachfolgendem Kampf besiegen Chiyo und Sakura Sasori, während Deidara Naruto und Kakashi entkommt. Mit einem Jutsu gelingt es Chiyo nach dem Kampf, Gaara auf Kosten ihres eigenen Lebens wieder zum Leben zu erwecken.
Kampf gegen die Akatsuki und Wiederauftauchen Sasukes
Der sterbende Sasori gab Sakura den Hinweis, dass er sich in eingen Tagen mit einem Spion treffen wollte, den er bei Orochimaru eingeschleust hat. Tsunade beschließt, das Team Kakashi zum Treffpunkt, der Brücke von Himmel und Erde, zu schicken. Da jedoch Kakashi auf Grund des Kampfes verletzt ist, wird er von einem Anbu-Mitglied namens Yamato ersetzt. Als viertes Mitglied des neuen Team Kakashi kommt noch Sai hinzu, der zur Anbu-Organisation Root gehört und Naruto und Sakura wiederholt verärgert.
An der Brücke stellt sich heraus, dass der Spion Kabuto ist, der früher einmal für Orochimaru in Konoha spionierte. Kurz darauf erscheint Orochimaru und es kommt zu einem Kampf zwischen ihm und Naruto, wobei der Kyūbi in Naruto mehr und mehr zu erwachen droht. Orochimaru kann entkommen und wird dabei von Sai begleitet, der eine Nachricht für Orochimaru hat. Naruto kann derweil gerade noch von Yamato zurückgehalten werden.
Der Rest der Gruppe nimmt die Verfolgung auf und es gelingt ihnen, in das Versteck Orochimarus einzudringen. Nach kurzer Zeit treffen Naruto und Sasuke aufeinander. Sasuke gelingt es dabei, mit seinen Sharingan Kontakt zum Kyūbi in Narutos Körper aufzunehmen. Allerdings lehnt es Sasuke ab, mit Naruto nach Konoha zurückzukehren.
In der Zwischenzeit kämpfen weitere Akatsuki-Mitglieder, Hidan und Kakuzu, gegen das Jinchuriki des Dorfes unter den Wolken und besiegen dieses. Nach der Extraktion des Dämons, einer zweischwänzigen Katze, wenden sich die beiden Richtung Konoha. Sie werden von einem Team unter der Leitung von Asuma gestellt, der aber getötet wird. Naruto trainiert währenddessen mit Kakashi und Yamato weiter und bricht mit einer Gruppe unter Shikamaru auf, um Asuma zu rächen. Im Kampf können beide Akatsuki-Mitglieder unschädlich gemacht werden.
Sasuke gelingt es derweil, Orochimaru zu enthaupten, bevor sich dieser seines Körpers bemächtigen kann. Er bildet im Anschluss mit drei Dienern Orochimarus die Gruppe „Hebi“ (Schlange). Ziel dieser Gruppe ist die Tötung von Itachi.
Gleichzeitig brechen nun die restlichen Akatsuki-Mitglieder, Hebi und ein Team der Konoha-Ninja auf, um sich gegenseitig zu bekämpfen. Dabei wird zuerst Deidara von Sasuke getötet, der nur knapp mit dem Leben davon kommt. Deidaras neuer Partner Tobi scheint ebenfalls umzukommen. Nicht weit entfernt erhält Naruto von Kabuto ein Buch mit den geheimen Plänen von Akatsuki.
In Amagakure zeigt sich nun erstmal der Anführer der Akatsuki, Pain. Gemeinsam mit seiner Partnerin Konan nimmt er dabei den von Tobi, der sich bei dieser Gelegenheit als Uchiha zu erkennen gibt, Befehl an, Naruto zu finden und zu entführen. Kurz darauf erreicht Jiraya Amagakure und es kommt zum Kampf zwischen ihm und Pain, bei dem Jiraya Pain als seinen ehemaligen Schüler Nagato erkennt. Es gelingt Jiraya gerade noch, eine verschlüsselte Botschaft auf dem Rücken einer Kröte zu hinterlassen, bevor er von Pain getötet wird.
An anderer Stelle treffen zur gleichen Zeit Tobi auf Naruto, Sakura, Hinata, Yamato und Kakashi sowie Sasuke auf Itachi.
